28세기 미래, 시공간을 압도하는 스페이스 최강 에이전트가 온다! 수천 종의 외계종족이 평화롭게 살고 있는 28세기의 우주. 에이전트 발레리안과 로렐린에게 30년 전 사라진 행성 뮐의 마지막 남은 컨버터를 되찾아 오라는 미션이 내려진다. 그들은 키리안 행성의 빅마켓에서 컨버터가 거래되고 있다는 정보를 입수해 미션을 수행하지만, 뜻하지 않게 암흑시장 외계종족의 표적이 되어버린다. 가까스로 컨버터를 구출해 낸 그들은 우주수호부의 본거지 알파로 향하고, 제한된 시간 안에 평화를 위협하는 레드존에 진입해 위협 요소를 제거해야 하는 새로운 임무를 받게 된 발레리안과 로렐린. 하지만 이 모든 사건이 자신들이 구출한 컨버터와 연계되어 있다는 사실을 알게 되는데...