울트라맨‘제로’는 전설적인 역대 울트라맨들을 도와 악의 울트라맨‘베리얼’과 그의 괴수 군단에 맞서 가까스로 승리를 쟁취한다. 그러나 악의 울트라맨‘베리얼’은 순순히 물러가지 않고 평행 우주 속 은하황제 ‘카이저베리얼’로 부활한다. 울트라 전사들에 대한 복수심에 불타던 ‘카이저베리얼’은 자신의 제국군을 앞 세워 전 은하계를 손아귀에 넣을 무시무시한 계획을 세운다. 이제 전 은하계를 지키기 위해 울트라맨‘제로’는 평행 우주로 넘어가 ‘카이저베리얼’의 은하제국에 맞서 필살의 대전쟁을해야만 한다.